争议
与周边考古学文化的比较研究
磁山文化与周边考古学文化的比较研究：关于磁山文化与裴李岗文化之间的关系，王吉怀、段宏振等均认为，这两种文化分别具有各自的分布区域和独特的文化内涵，代表了黄河流域或华北地区两支不同的文化系统。关于磁山文化与北面邻居文化的关系，段宏振认为，它们之间也是属于南北相邻的两支基本同时代的不同系统的新石器时代文化，北面临居文化与磁山文化之间有着密切的文化交流关系。
磁山文化的渊源问题
磁山文化的渊源问题：段宏振通过对磁山文化典型器物盂的追寻，对磁山文化的宏观来源进行了探索，提出北福地一期文化的盂与磁山文化最接近，其次是兴隆洼文化的筒形罐，兴隆洼文化、北福地一期文化和磁山文化，在宏观上都应属于北方筒形罐文化系统，磁山文化的宏观来源很可能在太行山东麓的北部一带。王震中认为，从磁山文化到仰韶文化后岗类型的变迁，在区系类型理论的框架下，可以增加一个用古族迁徙的新视角来解释此种变迁。赵朝洪、王涛将磁山文化与新石器时代早期遗址东胡林、转年和南庄头等文化进行了对比研究，认为此三种文化的发现，有可能为探寻磁山文化的来源提供有益的帮助。
农业发展阶段问题
磁山文化农业发展阶段问题：周晓陆认为，磁山文化中粟的发展水平代表了先进农业的发展水平，反映了高科技含量的种植业的发展程度，因而不应该是最早的种植业;郑杰祥认为，以往学者所提出的磁山文化为“刀耕火种”的说法是不确切的，磁山、裴里岗文化的时代，已经进入铲耕或称耜耕农业阶段，磁山文化出土的新型生产工具石斧，是开发荒地、扩大种植面积的关键因素，它促进了当时农业生产的迅速发展。王吉怀也认为，磁山文化农业发达，不是最早期的，应是发展期的农业。程有为认为，磁山文化遗址发现大量的生产工具以及粟，这说明原始农业在新石器时代有了初步发展。
原始宗教问题
关于磁山文化的原始宗教问题：乔登云认为，在储藏粮食的窖穴中所放置的完整的或成堆的猪、狗等兽骨，或许是举行某种仪式的牺牲品，但其目的并非纯粹用于某种“献祭”，而是最原始的“仓祭”遗迹，即祈求仓神、谷神或皇天后土，保佑存入的粮食不再霉烂，以供食用。魏建震认为，磁山文化中祈年和庆丰收的遗存，实际上是远古时期社祭祀的一种原始形式。高江涛认为，磁山遗址粮食窖穴埋猪很可能是向地母献祭的牲品。磁山文化遗址的性质问题。针对以往学者所出土的磁山是以灰坑为主体的结构，已发掘的Ｉ—Ⅲ区是当时祭地祈年的场所的说法，乔登云提出，磁山遗址的性质应为原始村落遗址。
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